在醫藥領域開拓更大的市場，為保障我國藥業戰略安全作貢獻，滿足國人防病治病的用藥需求，是石藥集團一直追求的夢想。
　　2013年初，石藥集團的“馬來酸左旋氨氯地平（商品名：玄寧）原料與制劑及產業化應用”項目獲得國家技術發明獎二等獎，這是該企業繼2011年丁苯酞（商品名：恩必普）原料與軟膠囊獲得國家科技進步二等獎以后，短短3年內第二次獲得國家科學技術獎勵，在國內制藥企業中絕無僅有。蔡東晨說：“石藥集團把創新驅動作為企業發展的靈魂，全力以赴抓突破，力求打造一個讓國人信任、讓世界認可的爭氣藥業。”
　　石藥集團在上世紀90年代成立伊始就把以新藥開發作為企業生存發展的根本。他們先后建立起博士后科研工作站、國家級企業技術中心、“863計劃”高技術產業化基地、藥物制劑及釋藥技術國家重點實驗室等。石藥集團新藥開發最為成功的案例莫過于投資3.5億元開發出的腦卒治療新藥“恩必普”，一上市就被世界權威機構公認為該領域全球領先的藥物，開創了向美、韓國家轉讓藥品知識產權的先例。
　　多年來，石藥累計申請國內專利351件，授權175件；申請PCT專利合作條約專利21件。石藥集團目前正在研發的新藥項目有170多項，包括國家一類新藥項目25個。
　　如果說新產品的創新開發是企業增強活力的重要利器，那么老產品提質增效則是企業做大做強有效陣地。
　　“十一五”以來的10年中，石藥集團共投入8億多元資金用于企業技術改造。先后聯合清華大學、天津大學等21家產學研單位成立了“中國抗生素創新戰略聯盟”和“中國維生素產業技術創新戰略聯盟”，通過整合社會研發力量，不斷推動企業乃至行業的技術改造和升級。這些行之有效措施的實施，幫助企業降本增效。在頭孢中間體和阿莫西林的生產中，采用先進酶法工藝代替原有的化學裂解法工藝，不僅使得整個工藝流程跳出了環境污染，同時還使單位成本降低30%以上。讓人感到振奮的還有他們通過應用基因工程技術，成功改良了抗生素生產工藝，在物耗勞動基本不變的情況下，使抗生素產出率一下提高了114%。
　　在醫藥行業，“沒有標準認證，產品寸步難行”。石藥所突出的第三項創新就是“認證”。在制造設施、管理體系等各方面與國際高端標準對標。在企業認證方面，早在“十五”時期，石藥就建立了完備的三級質量管理體系，所有下屬企業都通過了ISO9000、OHSAS18000和ISO14001認證，而全集團共有39條生產線一次性通過新版GMP認證，數量位居國內制藥企業首位。
　　在國際認證方面，石藥通過在發達國家建立銷售公司、尋求合作伙伴等形式，截至目前已先后取得了12張CEP證書和27個DMF登記號，有4個產品分別通過歐盟或其成員國的現場檢查；此外，還有美洛昔康片等9個品種通過了美國FDA認證檢查。石藥集團創新藥“恩必普”也在全球86個國家受到專利保護，標志著其藥品質量已實現了與國際先進水平實現對接。
　　如今，石藥產品銷售遍及全國各地及世界60多個國家和地區，有30個產品單品種銷售額突破億元，年出口創匯保持在5億美元左右。產品的暢銷帶來了企業經濟效益的穩步攀升，2012年企業完成不含稅銷售收入164億元，利潤、利稅、上繳稅金，各項指標繼續保持國內醫藥行業領先地位。